在分解细菌的作用下，再进一步转化成了氨。被鱼类吃掉的一部分经过鱼类的消化，也转变成氨。殊途同归的氨在分子态时是一种剧毒物质。在硝化细菌的作用下，它会被转化成亚盐。亚盐是一种不太稳定的物质。在高氧化还原电位的情况下，会被氧化成亚盐。此时如果有反硝化细菌，盐就会被转化成N2从水中溢出。这样，水体中的氮元素就完成了一个完整的转化分离过程。 在实践中，生物过滤的细菌需要适宜的条件才能起到相应的作用。如水体的温度、PH、溶氧量、合适的碳氧化、杀菌剂等。因此，不仅要求其他系统设备与生物过滤器配套，更对操作者有一定的技术要求。
循环水养殖系统（recirculating aquaculture system，RAS）作为一种新型养殖模式，通过一系列水处理单元将养殖池中产生的废水处理后再次循环回用。其主要原理是将环境工程、土木建筑、现代生物、电子信息等学科领域的先进技术集于一体，以去除养殖水体中残饵粪便、氨氮（TAN）、亚硝（xiao）酸盐氮（NO2--N）等有害污染物,净化养殖环境为目的，利用物理过滤、生物过滤、去除CO2、消毒、增氧、调温等处理将净化后的水体重新输入养殖池的过程。其不仅可以解决水资源利用率低的问题，还可以为养殖生物提供稳定可靠、舒适优质的生活环境，为高密度养殖提供了有利条件。
虾苗选择的关键是选用健康、无特定疫病的虾苗，肉眼观测大小整齐，体长0.6厘米左右。虾苗应活泼健壮，无病弱苗和死苗，溯水能力强，体色透明，不发红，肝心区黑褐色。取虾苗试养1～2天，死亡率不应大于5%。有条件者可取50尾虾苗，送有关部门进行病毒检测，选用不带白斑综合症病毒病之虾苗。夏威夷购进的第1代SPF亲虾繁育虾苗更为适合。水温升至22℃左右可开始放苗，或者先在有供热的池中暂养，以延长养殖期，养殖大规格的商品对虾。