目前我国的循环水养殖系统技术的系统设施和养殖生产处于相脱节的状况，也就是说只有少数人真正掌握循环水养殖设施正常管理技术，大多数已建的循环水养殖设施很大一部分不能正常运转。究其原因，一是循环水养殖管理要求复杂，技术上有缺陷，不易实现平稳运行；二是一般养殖场的人员素质和结构不能满足循环水养殖的要求。因此，今后养殖设施的开发应更加注重从整体上整合养殖设施和养殖技术，做到“软硬件”真正的统一，并不断提高设施的信息化和智能化水平，降低管理维护难度。
循环水系统处理的对象一般是含有大量固体悬浮物或溶解性的物质，这些物质排入到养殖水中后会在细菌的作用下，分解成氨、硫化氢等对水生动物有毒的物质。因此，一时间将这些污染物截留并尽可能地将这些污染物变废为宝，是循环水处理系统的功能所在。循环水处理系统首先包括机械过滤部分。这些设备会将水中的固体悬浮物在一时间过滤出来。经常用到的设备是蛋白质分离器、微滤机、精密过滤器等设备。其次，循环水处理系统还有生化过滤设备。这些设备是为了培养相应的微生物来对水中溶解性物质进行分解分离的。
在水产养殖行业中，疾病一直是水产养殖户所*忌惮的情况，养殖产品一旦感染病毒将会造成严重的损失，如果感染的是病毒性的疾病，造成的后果是很多养殖户不能够承受的。所以水产养殖户们会花费大量的人力物力去做预防疾病滋生的措施，但是结果却不怎么理想，收效甚微，各种各样的病毒层出不穷。