高密的养殖下，一旦系统崩溃、疾病爆发或循环水养殖系统运行的稳定性和系统总水量的平衡、生物滤池的维护、过滤设施的定期清理、合理的投喂策略、适宜的养殖密度以及水质的检测和疾病的预防都是分不开的。因此，循环水系统的科学有效运行是多学科知识的综合体现。研究调查发现，很多企业对循环水养殖的原理、水处理设施设备的作用、运行参数等知之甚少，直接影响到系统的运行管理。较高的进入门槛也进一步加大了循环水养殖模式的推广难度。
20世纪90年代，在淡水养殖方面，随着经济的快速发展，全国各地兴建了很多水产养殖示范区，建立了一批淡水鱼类工厂化循环水养殖系统，但是其经济性矛盾依然突出。而工厂化循环水苗种繁殖生产系统具有水环境可控、苗种质量高等优点，适应了苗种生产的反季节性、水质条件要求高的特点，并且苗种的单位产值高，使之得到了一定程度的应用。以大菱鲆工厂化流水养殖为代表的海水工厂化养殖的大力推广，随之而来的是优质水资源大量耗用，尤其是地下水资源，造成地下水位下降、地陷等诸多问题。“九五”以来，国家有关科研计划大力支持海水工厂化循环水养殖的研究，并取得了重要的阶段性成果。
养殖过程中产生的残饵、粪便，有部分无法通过换水排出而吸附在池壁池底。洗池对于排出养殖池底的污物有一定效果。无死角的养殖池形状结合向中央倾斜的池底和中央排污方式，可以有效的排出池底污物。当同一个养鱼池中鱼的大小、强弱不一时，会严重影响鱼的生长速度，因而，养殖过程中必须按时进行大小分选。鱼的大小分选不仅可以防止互残（半滑舌鳎的互残的情况很少发生），而且便于进行管理，尤其是幼鱼，幼鱼生长比较快，分选和不分选，幼鱼的生长、死亡率和饵料的利用率相差很大。但要尽可能减少分养次数，过多次数的分养会使鱼体受伤，增加鱼的应激反应。