工厂化循环水养殖的实质是养殖生产的工业化，生产过程可控，可以跨季节养殖，产品像工业品一样可以有计划地均衡上市。其特点：一是用水量少，可利用较低质水源，对水资源要求较低；二是占地少，对土地资源的要求低；三是养殖密度高，单位耗水产量大；四是易于控制生长环境，鱼类(以及其他养殖种类)生长速度快，生长周期短；五是饲料利用率高；六是水循环使用，利用系数高；七是排放的废水废物少，能集中处理，对环境无压力或很小；八是不受外界气候的影响，可实现常年生产。
生物絮团技术是指通过操控水体营养结构，向水体中添加有机碳物质，调节水体中的C/N比，促进水体中异养细菌的繁殖，利用微生物同化无机氮，将水体中的氨氮等养殖代谢产物转化成细菌自身成分。并且通过细菌絮凝成颗粒物质被养殖动物所摄食，起到维持水环境稳定、减少换水量、提升动物免疫力、提高养殖成活率、增加产量和降低饲料系数等作用的一项技术，它被认为是解决水产养殖产业发展所面临的环境制约和饲料成本的有效替代技术。
高密的养殖下，一旦系统崩溃、疾病爆发或循环水养殖系统运行的稳定性和系统总水量的平衡、生物滤池的维护、过滤设施的定期清理、合理的投喂策略、适宜的养殖密度以及水质的检测和疾病的预防都是分不开的。因此，循环水系统的科学有效运行是多学科知识的综合体现。研究调查发现，很多企业对循环水养殖的原理、水处理设施设备的作用、运行参数等知之甚少，直接影响到系统的运行管理。较高的进入门槛也进一步加大了循环水养殖模式的推广难度。