项目投产前，首先需要决定养殖品种：因为底息类的鱼池设计有区别，同时还需要对生物习性了解清楚：喜欢静水，还是喜欢顶水；适宜水温等等条件，不一而足。再了解了生物习性后，工厂化循环水养鱼成功与否取决于以下几个主要条件：溶氧量、水质、水温，如果是海鱼的话还有盐度。副条件还有：ph、硬度、盐度(淡水鱼)、光照等。买鱼苗后先进行观察筛选（15天以上），把那些状态不好的，比如明显有寄生虫、残疾等不适合的剔除了，省的以后麻烦。在观察期间还会死鱼，除了体质问题外，还有一个因素是水体各元素含量不同导致的。
水霉病对水产动物没有选择性，凡是受伤的都有被感染的可能，水霉菌是腐生性的，它不感染健康无伤的鱼。因为活细胞具有“抗霉s”，“抗霉s”很可能存在于黏液分泌细胞所分泌的黏液中，细胞一死，就停止分泌黏液，水霉菌孢子很快寄生上去。疾病早期基本没有症状，当肉眼能发现症状时候，菌丝已经在伤口侵入并向外长出外菌丝，似灰白色的绵毛状，俗称“生毛”或白毛病。霉菌可以分泌大量的蛋白酶，机体受刺激后能分泌大量的粘液。
养殖过程中产生的残饵、粪便，有部分无法通过换水排出而吸附在池壁池底。洗池对于排出养殖池底的污物有一定效果。无死角的养殖池形状结合向中央倾斜的池底和中央排污方式，可以有效的排出池底污物。当同一个养鱼池中鱼的大小、强弱不一时，会严重影响鱼的生长速度，因而，养殖过程中必须按时进行大小分选。鱼的大小分选不仅可以防止互残（半滑舌鳎的互残的情况很少发生），而且便于进行管理，尤其是幼鱼，幼鱼生长比较快，分选和不分选，幼鱼的生长、死亡率和饵料的利用率相差很大。但要尽可能减少分养次数，过多次数的分养会使鱼体受伤，增加鱼的应激反应。