重金属废水的治理，必须采用综合措施。首先，从根本上是改革生产工艺，不用或少用毒性大的重金属；其次是在使用重金属的生产过程中采用合理的工艺流程和完善的生产设备，实行科学的生产管理和运行操作，减少重金属的耗用量和随废水的流失量；在此基础上对数量少、浓度低的废水进行有效的处理。重金属废水应当在产生地点就地处理，不同其他废水混合，以免使处理复杂化。更不应当不经处理直接排入城市下水道，同城市污水混合进入污水处理厂。如果用含有重金属的污泥和废水作为肥料和灌溉农田，会使土壤受污染，造成重金属在农作物中积蓄。在农作物中富集系数较高的重金属是镉、镍和锌，而在水生生物中富集系数较高的重金属是汞、锌等。
纺织印染废水因排放量大、色度深、难降解有机物含量高、含盐量大、染料组分复杂且大多数以芳烃及杂环化合物为母体等特点而成为废水治理行业的研究重点和难点。尤其是随着产品质量的日益提高，大多数工业染料趋向于抗光解、抗氧化、抗生物氧化，进一步加大了废水处理及回用的难度。近年来随着世界各地经济的迅速发展及人口的持续增长，实现人口、资源与环境的可持续发展是未来大势所趋。目前国内外学者已对印染废水的深度处理与回用技术进行了大量研究，如膜处理、氧化等技术的研究与应用大大提高了印染废水的回用率埋设于地表以下，设备上面的地表可作为绿化或其他用地，不需要建房及采暖、保温。
一般城市污水主要污染物是易降解有机物，所以绝大多数城市污水处理厂都采用好氧生物处理法。如果污水中废水比重很大，难降解有机物含量高，污水可处理性差，就应考虑增加厌氧处理改善可处理性的可能性，或采用物化法处理。通常城市污水处理以一级处理为预处理，二级处理为主体，三级处理很少使用。一般工厂排出的污水，至少应采取两级处理。由于二级处理排出的污泥有可能造成二次污染，因此，还要进行污泥处理。