20世纪90年代，在淡水养殖方面，随着经济的快速发展，全国各地兴建了很多水产养殖示范区，建立了一批淡水鱼类工厂化循环水养殖系统，但是其经济性矛盾依然突出。而工厂化循环水苗种繁殖生产系统具有水环境可控、苗种质量高等优点，适应了苗种生产的反季节性、水质条件要求高的特点，并且苗种的单位产值高，使之得到了一定程度的应用。以大菱鲆工厂化流水养殖为代表的海水工厂化养殖的大力推广，随之而来的是优质水资源大量耗用，尤其是地下水资源，造成地下水位下降、地陷等诸多问题。“九五”以来，国家有关科研计划大力支持海水工厂化循环水养殖的研究，并取得了重要的阶段性成果。
气压的降低，造成水体对氧的溶解度降低，导致水体缺氧。在气压低的情况下，常可见水体底部污染物泛起，这就是所谓“泛塘现象。“泛塘”的结果造成水底因缺氧而抑制的好氧菌重新得到获取氧气的机会，由此急剧消耗水体溶氧。工厂化循环水养殖模式仍然是未来具有发展潜力的陆基循环水养殖模式, 是中国开创现代水产业的重要组成部分。随着核心装备的国产化、水处理工艺的成熟化、养殖管理的科学化, 集“装备工程化、技术现代化、生产工厂化、管理工业化”为一体的现代工业化养殖产业新模式将会被建立, 水产业的转型升级, 海淡水养鱼大产业的架构, 才能够实现, 而中国水产业将进入工业化养殖新时代, 届时, 中国不仅是世界水产大国, 也同样会是世界水产强国。
我国工厂养殖目前受水处理成本的压力，仍主要以流水养殖、半封闭循环水养殖为主，真正意义上的全封闭循环水养殖企业较少。流水养殖和半封闭养殖方式产量低（单位水体产量10—15千克/米2·年）、耗能大、效率低，与先进国家技术密集型的循环水养殖系统相比，在系统的循环水率、系统辅助水体的比率等关键性能方面基本接近国际水平，在设备、工艺、产量（先进技术的产量达100千克/米2·年以上）和效益等方面，以及生物净化系统的构建、净化效率和稳定性、系统集成度、系统稳定性等方面仍存在着一定的差距。