目前我国的循环水养殖系统技术的系统设施和养殖生产处于相脱节的状况，也就是说只有少数人真正掌握循环水养殖设施正常管理技术，大多数已建的循环水养殖设施很大一部分不能正常运转。究其原因，一是循环水养殖管理要求复杂，技术上有缺陷，不易实现平稳运行；二是一般养殖场的人员素质和结构不能满足循环水养殖的要求。因此，今后养殖设施的开发应更加注重从整体上整合养殖设施和养殖技术，做到“软硬件”真正的统一，并不断提高设施的信息化和智能化水平，降低管理维护难度。
项目投产前，首先需要决定养殖品种：因为底息类的鱼池设计有区别，同时还需要对生物习性了解清楚：喜欢静水，还是喜欢顶水；适宜水温等等条件，不一而足。再了解了生物习性后，工厂化循环水养鱼成功与否取决于以下几个主要条件：溶氧量、水质、水温，如果是海鱼的话还有盐度。副条件还有：ph、硬度、盐度(淡水鱼)、光照等。买鱼苗后先进行观察筛选（15天以上），把那些状态不好的，比如明显有寄生虫、残疾等不适合的剔除了，省的以后麻烦。在观察期间还会死鱼，除了体质问题外，还有一个因素是水体各元素含量不同导致的。
工厂化循环水养殖系统的典型工艺和装备是以物理过滤结合生物过滤为主体，对养殖水体进行深度净化，并集成了水质自动监控系统，实时监测并调控养殖水体质量并可追溯。该系统具有工艺技术完善、水处理效果好、水质状况稳定、生产操作舒适、设备维护简便、运行成本低、系统投资省等优点。这是一套简洁有效的工艺技术路线：鱼池出水自流进入微滤机池，去除残饵和鱼粪等颗粒直径大于60微米的固体悬浮物质，经水泵提升进入生物滤器，一方面截流微小的颗粒悬浮物，另一方面对水体中的氨氮进行降解，净化后的水自流回鱼池。