工厂化循环水养殖的实质是养殖生产的工业化，生产过程可控，可以跨季节养殖，产品像工业品一样可以有计划地均衡上市。其特点：一是用水量少，可利用较低质水源，对水资源要求较低；二是占地少，对土地资源的要求低；三是养殖密度高，单位耗水产量大；四是易于控制生长环境，鱼类(以及其他养殖种类)生长速度快，生长周期短；五是饲料利用率高；六是水循环使用，利用系数高；七是排放的废水废物少，能集中处理，对环境无压力或很小；八是不受外界气候的影响，可实现常年生产。
在分解细菌的作用下，再进一步转化成了氨。被鱼类吃掉的一部分经过鱼类的消化，也转变成氨。殊途同归的氨在分子态时是一种剧毒物质。在硝化细菌的作用下，它会被转化成亚盐。亚盐是一种不太稳定的物质。在高氧化还原电位的情况下，会被氧化成亚盐。此时如果有反硝化细菌，盐就会被转化成N2从水中溢出。这样，水体中的氮元素就完成了一个完整的转化分离过程。 在实践中，生物过滤的细菌需要适宜的条件才能起到相应的作用。如水体的温度、PH、溶氧量、合适的碳氧化、杀菌剂等。因此，不仅要求其他系统设备与生物过滤器配套，更对操作者有一定的技术要求。
我国苗种繁育过程的全人工控制技术尚处于起步阶段，低营养条件下的生物膜培养技术、水质的智能化控制技术、不同特性鱼卵孵化设施技术、繁育过程智能化判别技术等需要突破，繁育生态环境人工控制技术需要优化和集成。有必要针对我国大宗养殖产品和一些名特优品种的苗种繁育要求，应用现代水环境控制技术和孵化繁育生境模拟技术，构建特定的设备系统，形成完善的养殖生产工艺，达到水环境有效控制、孵化过程有效调控、节能节水以及反季节工业化生产的目的。