养殖过程中产生的残饵、粪便，有部分无法通过换水排出而吸附在池壁池底。洗池对于排出养殖池底的污物有一定效果。无死角的养殖池形状结合向中央倾斜的池底和中央排污方式，可以有效的排出池底污物。当同一个养鱼池中鱼的大小、强弱不一时，会严重影响鱼的生长速度，因而，养殖过程中必须按时进行大小分选。鱼的大小分选不仅可以防止互残（半滑舌鳎的互残的情况很少发生），而且便于进行管理，尤其是幼鱼，幼鱼生长比较快，分选和不分选，幼鱼的生长、死亡率和饵料的利用率相差很大。但要尽可能减少分养次数，过多次数的分养会使鱼体受伤，增加鱼的应激反应。
高密的养殖下，一旦系统崩溃、疾病爆发或循环水养殖系统运行的稳定性和系统总水量的平衡、生物滤池的维护、过滤设施的定期清理、合理的投喂策略、适宜的养殖密度以及水质的检测和疾病的预防都是分不开的。因此，循环水系统的科学有效运行是多学科知识的综合体现。研究调查发现，很多企业对循环水养殖的原理、水处理设施设备的作用、运行参数等知之甚少，直接影响到系统的运行管理。较高的进入门槛也进一步加大了循环水养殖模式的推广难度。
白对虾养殖在水产养殖中是比较难养的一种水产品，近年来，在国内“养虾难，虾难养”，已经成为南美的白对虾养殖产业的痛楚。随着种质退化、养殖环境恶化等各种因素的干扰，白虾的养殖道路仿佛变得更加艰难，在小编看来，其实*主要的问题还是出在养殖设备和养殖模式方面。在国内，很多对虾养殖场都是采用外塘养殖模式，外塘养殖模式是很难保证水质环境的，恰巧对虾养殖对于水质的要求是相当高的，加上对虾养殖设备落后，导致更多的疾病滋生，从而增加了对虾养殖的难度。天气的转变也是增加外塘养殖对虾的难度，对虾对水温也是比较敏感的。