目前普通的养殖技术都是基于自然或传统养殖模式条件下鱼类的生理活动研究成果，但是在工厂化高密度条件下，鱼类受到环境胁迫，生理状况会有显著变化，水生态环境更为单一，养殖技术应有相应的调整。我国目前在该领域的研究严重滞后于生产，无法提供成熟的养殖工艺，设施的效能不能得到发挥。部分配套技术的发展也不均衡，比如饲料品质普遍较差，营养转移效率低且不稳定，增加了设施系统的处理负荷，导致综合效益下降。因此，需要针对工厂化循环水养殖的系统条件，研究发展配套的养殖技术。
生化模式净水主要是靠硝化细菌，硝化细菌从无到有这个过程俗称挂膜。硝化细菌挂膜需要滤材（细菌屋）；硝化细菌属于好氧细菌，因此需要氧气；硝化细菌繁殖还需要养分，也就是鱼粪。再满足上诉三个情况下，保持25度水温，硝化细菌从无到有需要将近35天，15度水温情况下需要50天或者更久，这个过程叫冷启动。想快速启动，可以使用液体硝化细菌，或者添加一些其他已经挂膜的滤材进来进行引菌，这个过程叫热启动。海水系统应为高盐度的问题，自然挂膜时间比淡水系统要长一倍以上，时间也随盐度升高而延长。
循环水养殖技术是否成熟，我用几个数字来回答。一个是循环水养殖的理念在国外早在20世纪50年代就有人提出，开始应用于生产是在70年代，而早在80年代就由一批学者引入中国并进行尝试。彼时由于配套硬件设施的落后以及用电成本过高的原因无法持续。进入2000年以后，伴随着一系列设备的国产化以及电费成本的下降，循环水养殖逐渐在各地遍地开花。产业需求推动着技术进步，而技术的完善反过来又刺激了产业升级。