工厂化循环水从水处理的侧重点不同分为机械模式和生化模式，主要区别就是看能耗大小，本文所讲的是生化模式。这个模式能否成功，与虹吸能否顺利运行有直接关系，虹吸设备需要时常维护否则会莫名其妙的失效。有人说：我都准备投入了30万，你告我天天还得维护，这是搞毛线啊？虹吸失败的话，整个系统视养殖密度在两天到四天以内崩溃----鱼虾死光光。工厂化循环水系统的重点是净水系统，占比50%；生物习性占30%；其他的溶氧恒温等条件的占比20%。
高密的养殖下，一旦系统崩溃、疾病爆发或循环水养殖系统运行的稳定性和系统总水量的平衡、生物滤池的维护、过滤设施的定期清理、合理的投喂策略、适宜的养殖密度以及水质的检测和疾病的预防都是分不开的。因此，循环水系统的科学有效运行是多学科知识的综合体现。研究调查发现，很多企业对循环水养殖的原理、水处理设施设备的作用、运行参数等知之甚少，直接影响到系统的运行管理。较高的进入门槛也进一步加大了循环水养殖模式的推广难度。
气压的降低，造成水体对氧的溶解度降低，导致水体缺氧。在气压低的情况下，常可见水体底部污染物泛起，这就是所谓“泛塘现象。“泛塘”的结果造成水底因缺氧而抑制的好氧菌重新得到获取氧气的机会，由此急剧消耗水体溶氧。工厂化循环水养殖模式仍然是未来具有发展潜力的陆基循环水养殖模式, 是中国开创现代水产业的重要组成部分。随着核心装备的国产化、水处理工艺的成熟化、养殖管理的科学化, 集“装备工程化、技术现代化、生产工厂化、管理工业化”为一体的现代工业化养殖产业新模式将会被建立, 水产业的转型升级, 海淡水养鱼大产业的架构, 才能够实现, 而中国水产业将进入工业化养殖新时代, 届时, 中国不仅是世界水产大国, 也同样会是世界水产强国。